Η Πρέσπα για τους φυσιολάτρες, τους επιστήμονες και αυτούς που ενδιαφερόταν για την προστασία του περιβάλλοντος ήτανε ήδη γνωστή από τις αρχές τις δεκαετίας του 70. Είτε μεμονωμένοι άνθρωποι είτε διάφοροι φορείς -όπως περιβαλλοντικές οργανώσεις- πραγματοποιούσαν διάφορες δράσεις για την προστασία ή αποτροπή καταστροφών του περιβάλλοντος μέχρι και τις αρχές του 1990. Ορισμένες από αυτές τις δράσεις καθορίσανε σημαντικά την περαιτέρω εξέλιξη της περιοχής.

Η αναγνώριση της φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς της περιοχής των Πρεσπών, καθώς και η προσωπική συμβολή ατόμων που ήδη δρούσαν στην περιοχή, οδήγησε δέκα ευρωπαϊκές μη κρατικές περιβαλλοντικές οργανώσεις -επτά εκ των οποίων ελληνικές- να δημιουργήσουν, το 1991, την Εταιρία Προστασίας Πρεσπών(ΕΠΠ). Την πρωτοβουλία ίδρυσης της ΕΠΠ ανέλαβαν οι Φίλοι των Πρεσπώνκαι το WWF International. Η απόφαση της ένωσης των δυνάμεων αυτών των οργανώσεων για τη δημιουργία της ΕΠΠ έγινε με αποκλειστικό στόχο να συμβάλλουν πιο αποτελεσματικά στην προστασία της Πρέσπας.
Σκοπός της Εταιρίας Προστασίας Πρεσπών (ΕΠΠ) είναι η προστασία και η διατήρηση της φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς της Πρέσπας, υποστηρίζοντας την αρμονική σχέση ανθρώπου και φύσης στην περιοχή, προς όφελος των κατοίκων της, της ανθρωπότητας καθώς και των ερχόμενων γενεών.
Το 2005 και 2006 εταιρείες παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας από εναλλακτικές πηγές (αιολική ενέργεια) υποβάλλουν στην Ρυθμιστική Αρχή Ενέργειας αιτήματα δημιουργίας αιολικών πάρκων στην ευρύτερη περιοχή του ΕΠΠ, η οποία είναι περιοχή που προστατεύεται από διεθνείς συνθήκες (πχ. Ramsar). Στόχος της Νομαρχίας Φλώρινας είναι η ανάπτυξη της περιοχής αυτής.